| 年份 | 校名 | 总支/党委书记 | 系主任/院长 |
| 1921-1924 | 国立东南大学 工科 | 茅以升 李世琼 | |
| 1927-1934 | 国立第四中山大学 国立中央大学 | 杨孝述 李世琼 钱祥标 金秉时 | |
| 1934-1941 | 国立中央大学 | 张可治 | |
| 1941-1946 | 国立中央大学 | 陈大燮 李酉山 簞远纶 彭开熙 | |
| 1946-1949 | 国立中央大学 | 钟皎光 胡乾善 | |
| 1949-1952 | 国立南京大学 | 胡乾善 | |
| 1952-1954 | 南京工学院 | 胡乾善 | |
| 1954-1957 | 南京工学院 | 朱斐 | 舒光冀 |
| 1957-1966 | 南京工学院 | 聂文清 陈云清 | 舒光冀 |
| 1976-1993 | 南京工学院 东南大学 | 胡祥三 栾滨 招德孚 陈漱秋 赵小东 吴克坚 | 王幕义 舒光冀 苏华钦 赵傲生 计有为 |
| 1994-1995 | 东南大学 | 计有为 林萍华 | 钟秉林 |
| 1995-1998 | 东南大学 | 林萍华 易红 | 林萍华 |
| 1998-2001 | 东南大学 | 易红 顾菊生 | 易红 |
| 2001-2007 | 东南大学 | 顾菊生 张立武 | 史金飞 |
| 2007-2014 | 东南大学 | 张立武 | 汤文成 |
| 2014-2023 | 东南大学 | 张志胜 | 倪中华 |
| 2024- | 东南大学 | 倪中华 | 费庆国 |
