机械工程学院机械电子工程系，是由电子设备结构、电子机械、机电控制等学科方向整合而成，2006年建系。机械电子工程系现有专任教师26人，其中具有一年以上海外经历的教师18人。专任教师中教授9人，副教授13人，博导11人，硕导20人。目前，机械电子工程系拥有教育部新世纪人才1名，江苏省六大人才高峰人才 2名，江苏省“青蓝工程”优秀中青年骨干教师1名，“爱思唯尔”机械工程领域高被引学者（2021年）1名。在读博士和硕士生100余人。
机械电子工程系教师承担本科生课程20余门，如《电工技术》、《电子技术》、《机电控制技术》、《微机原理与应用》、《电子机械设计》、《机器人学及应用》、《计算机硬件技术》、《电磁兼容原理与应用》等；承担硕士研究生课程10余门，如《现代控制理论》、《电磁兼容性测试技》、《高等运动控制技术》、《电液控制工程》、《机电系统建模与仿真》等；承担博士生课程《机电系统动力学与智能控制》和《机器人规划与控制》等。其中《机电控制技术》为国家精品课程和国家精品资源共享课程。近年，培养多名学生获优秀本科毕业论文和优秀硕士毕业论文，指导学生获RoboCup、RoboMaster和机械创新设计大赛等多项奖项。
机械工程学院机械电子工程系拥有江苏省电磁兼容究中心、装备智能技术研究中心、机器人与生物机械电子实验室、仿生机器人学实验室等研究中心和实验室。主要研究方向：机器人与生物机械电子技术、电磁兼容与电磁环境效应、装备智能检测与运维、机电系统工程与智能制造、电子机械和非标自动化。近五年面向国民经济重大需求、国家战略安全需求和人民生命健康需求，围绕特种与仿生机器人、电磁兼容与电磁环境效应、智能机电装备与智能制造，承担国家自然科学基金项目10余项，省部级项目20余项，军工项目 30余项，企业委托项目70余项；到款200万以上国家重大专项或军工项目5项。近五年发表SCI 论文约200篇，包括顶级期刊IEEE Transactions on Industrial Electronics和IEEE-ASME Transactions on Mechatronics，申请或授权发明专利260余项。出版专著或教材数本，如《机电控制技术》、《电子精密机械设计》；主持制定电磁兼容国标和国军标15项。
与美国、新西兰、新加坡、德国、英国等国家的世界著名高校，如美国密西根大学、亚利桑那大学、新西兰奥克兰大学、新加坡国立大学等，国际知名高校建立了良好的交流合作关系，互派交流学习；与埃斯顿、通富微电、南高齿等国内龙头骨干企业建立了良好的产学研合作关系。近年来，先后获省部级科技奖4项。
机械电子工程系近五年已经毕业博士生30多名，硕士生150多名，主要从事机器人、智能装备与自动化、医疗与康复装备、电磁兼容等前沿课题研究，80%以上的毕业生在数控机床与机器人、医疗器械、自动化、通讯及IT相关企业以及行业公司担任核心研发及管理工作。此外，部分毕业生在各类高等院校、军工国防企业从事科研和技术开发工作。
特种与仿生机器人
特种机器人：应用于大飞机制造的全方位移动机器人、应用于大型球罐焊缝检测、大桥斜拉索检测的移动机器人，以及（桥梁）建筑智慧建造过程的自动化装备等。
仿生机器人：康复/助力外骨骼、双足步行机器人、机器鱼等。
机器人传感与智能装备检测技术
机器人触觉传感器
智能装备检测技术
电磁兼容与电磁环境效应
非标自动化与智能制造
工业机器人与智能制造：焊接机器人系统、全向AGV、协作式机器人系统，数字孪生
非标自动化装备与技术：电子元件与电光源自动化制造、振动输送、非标参数化设计
